Filly Funtasia relata las aventuras de Rose, una unicornio que asiste a la Royal Magic Academy en el reino de Funtasia. Sus mejores amigos: Bella, una potra elfa, Lynn, una potra bruja, Will, una potra de hadas, y Cedric, un príncipe, la acompañan mientras van a la escuela extraordinaria para mejorar sus habilidades mágicas, ya sea mezclando pociones impredecibles o lanzando hechizos. Rose también tiene que lidiar con la vida cotidiana de la escuela adolescente mientras aprende sobre el mundo mágico que la rodea.
Dentro del sótano de la academia vive Wranglum, una criatura maga malvada con forma de árbol que está atrapada dentro de un “espejo oscuro” o una prisión de cristal. Battiwigs, un murciélago que es la mascota del dormitorio de Will y Cedric, trabaja en secreto para Wranglum como su torpe secuaz y lleva a su maestro. Wranglum y Battiwigs trazan varios esquemas para tratar de robar los cristales de la academia que puedan para que puedan usar su magia para gobernar Funtasia.
El concepto de magia en Funtasia se usa comúnmente a través de sus espejos levitantes que pueden manejar tanto estudiantes como no estudiantes. Los espejos poseen muchas habilidades, como aparecer y desaparecer por orden, levantar objetos, comunicarse a largas distancias y enviar rayos al aire.
